אתם וודאי זוכרים כי ברשימה הקודמת ציינו שחבות המס מחושבת באופן שנתי ועלפי הדוח השנתי שהרופא מגיש למס הכנסה בעוד שבמהלך השנה משולמות מקדמות על חשבון המס השנתי.
רופא אשר כל הכנסתו האישית נובעת מהיותו שכיר בבית חולים פטור באופן עקרוני (למעט נסיבות המחייבות זאת) מהגשת דוח שנתי למס הכנסה שכן המעביד מנכה מהשכר את המס ומעבירו בשם העובד אל רשות המיסים.
מהחשש שעצמאי לא ישלם את מקדמות המס אשר הוא חייב בהן, חייבה רשות המיסים חברות וגופים ציבוריים לנכות מס במקור בשיעור של כ 30% מתוך התשלומים שהם אמורים לשלם לרופא ולהעביר לרשויות המס את המס שנוכה למעט אם הרופא מציג להם אישור "פטור מניכוי מס במקור".
אמנם, חבות המס היא של הרופא הזכאי לתשלום, אך החובה לנכות את המס חלה על המשלם (כגון קופות חולים,חברות ביטוח וגורמים עסקיים אשר ייתכן וכתבנו עבורם חוות דעת).
שיעור גבוה של ניכוי המס במקור נועד לאלץ את העצמאי להגיע אל משרדי רשות המיסים על מנת לפתוח תיק מס הכנסה ולשלם את מקדמות המס.
כאשר רופא מקבל תשלום מלקוח עסקי יש ועליו לשים לב באם מתוך התקבול אשר היה זכאי לקבל נוכה מס במקור ולציין זאת בחשבונית אשר הוא מנפיק.
מומלץ ואף רצוי לבקש מרואה החשבון כעבור כששה חודשים ממועד פתיחת התיק במס הכנסה, לפנות ולבקש פטור מניכוי מס במקור וזאת על מנת לשפר את תזרים המזומנים של הרופא ולא לממן את קופת המדינה במהלך השנה.
